In Batman: Arkham Asylum geeft de Joker zich over aan de politie en neemt hij de macht over in Arkham Asylum. Hij zet zijn gestoorde plannetje in werking waardoor Batman tegenover een leger van zijn gevaarlijkste tegenstanders komt te staan. Denk hierbij onder andere aan iconische slechteriken als Joker, Harley Quinn, Killer Croc, Zsasz, Penguin, Riddler, Scarecrow, Poison Ivy en Mr. Freeze.